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Workflow Pipelines
Workflows für Proteomics-Daten aus Medizin und Lebenswissenschaften

Das Service Center BioInfra.Prot stellt zahlreiche Bioinformatische Tools und Workflows bereit, mit denen sich häufige Fragestellungen nach Identifikation, Quantifizierung und statistische Analyse von untersuchten Molekülen (Proteinen) im Bereich Medizin und Lebenswissenschaften beantworten lassen. 
Darüber hinaus erstellen wir im Rahmen unsere Services seit mehreren Jahren maßgeschneiderte Bioinformatische Lösungen bis hin zu Maschinellem Lernen und unterstützen bei der Interpretation der Ergebnisse für wissenschaftliche Publikationen (Turewicz et al. 2017). Hierzu kann jederzeit gerne und einfach mit uns Kontakt aufgenommen werden. Im Rahmen unserer Tool- und Workflow-Entwicklung legen wir großen Wert auf Nutzerfreundlichkeit. Daher bieten wir unsere Tools und Workflows meist für verschiedene Softwareumgebungen an (R, Java, KNIME, etc.). Die bevorzugte Umgebung für Nutzer ohne oder mit eher wenig Bioinformatik Hintergrund ist hierbei KNIME, eine freie Software für die interaktive Datenanalyse, die durch das modulare Pipelining-Konzept die Integration zahlreicher Verfahren ermöglicht.


Einen Überblick mit einer Auswahl an Workflows finden Sie hier:

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Identifikation

Workflow Name: PIA

PIA ist eine Toolbox für MS-basierte Proteininferenz- und Identifikationsanalysen. Mit PIA können Sie die Ergebnisse gängiger Suchmaschinen zur Identifizierung von Proteomspektren inspizieren, sie miteinander kombinieren und statistische Analysen durchführen. Das Hauptaugenmerk von PIA liegt auf den integrierten Inferenz-Algorithmen, d.h. auf der Schlussfolgerung der Proteine aus einem Set von identifizierten Spektren. Es erlaubt Ihnen aber auch, Ihre Peptidspektrum-Matches zu inspizieren, FDR-Werte über verschiedene Suchmaschinenergebnisse hinweg zu berechnen und die Übereinstimmungen zwischen PSMs, Peptiden und Proteinen zu visualisieren. 

Publikationen:
Workflow auf KNIME Hub

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Quantifizierung

Workflow Name: Calibra Curve

Ein nützliches und flexibles Werkzeug zur Kalibrierung von gezielten („targeted“) MS-basierten Messungen. CalibraCurve ermöglicht eine automatisierte chargenweise Bestimmung dynamischer linearer Bereiche und Quantifizierungsgrenzen sowohl für Targeted Proteomics als auch für ähnliche Assays. Die Software verwendet eine Vielzahl von Messgrößen zur Beurteilung der Genauigkeit der Kalibrierung und bietet intuitive Visualisierungen.

Publikation
Workflow auf KNIME Hub

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Statistische Auswertung

Workflow Name: Differentielle Analyse von Proteindaten

Mithilfe dieses Workflows können Proteinmessungen aus zwei Gruppen von Proben mithilfe eines t-Tests statistisch miteinander verglichen werden. Die resultierenden p-Werte werden für multiples Testen adjustiert und gemeinsam mit den Fold changes in einen Volcano Plot dargestellt. 

Workflow auf KNIME Hub