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Statische und bioinformatische Beratung, Datenanalyse und Upload Service

Proteine sind biologisch sehr wichtig, da sie die ausführenden Biomoleküle in Zellen, Geweben und Organen sind. Dabei umfasst die Proteomik die parallele Identifizierung, Quantifizierung und räumliche Auflösung vieler Proteine in komplexen Proben. Proteomik-Experimente mit Schwerpunkt auf der klinischen Forschung sind unverzichtbar für ein umfassendes Verständnis biologischer Funktionen und Krankheiten, die für alternde Gesellschaften von hoher sozioökonomischer Relevanz sind, wie neurodegenerative Erkrankungen, Stoffwechselkrankheiten und Krebs. Vor diesem Hintergrund verfügt das Servicecentrum BioInfra.Prot über umfangreiche Expertise und Erfahrungen mit Proteomik-Werkzeugen, -Standards und -Analysen mit Schwerpunkt auf der klinischen sowie der Human-Proteomik und bietet hochwertige bioinformatische Dienstleistungen für diese Disziplinen an. Im Rahmen dieses Projektes bieten wir als Servicecenter nicht nur Software  und Workfows , sondern auch verschiedene Consulting Services zur Unterstützung der Anwender bei bioinformatischen oder statistischen Fragestellungen im Bereich der Proteomik an. Unsere Consulting Services umfassen:

Datenstandardisierungs- und Konvertierungsservice

Standardformate sind in allen Bereichen der Wissenschaft vertreten. Auch in der Proteomik gibt es bestimmte Standardformate, die ein einheitliches und strukturiertes Arbeiten vereinfachen sollen.  Dieser Dienst unterstützt die Nutzerinnen und Nutzer in Fragen der Wahl des geeigneten Formats und bei der Konvertierung ihrer Daten. Im Rahmen einer guten wissenschaftlichen Praxis ist es ebenfalls unerlässlich, Daten der Öffentlichkeit zugänglich zu machen. Dies wird durch Rohdaten-Repositorien wie PRIDE erreicht. Dadurch erhalten die Daten eine bessere Sichtbarkeit in der Proteomik-Gemeinschaft, eine bessere Querverlinkung mit anderen Datenbanken wie UniProt oder NeXtprot. Darüber hinaus werden die Daten zentral gespeichert und Datenverluste auf privaten Servern verhindert.  Weiterhin ist das Hochladen von Daten in ein solches Repository Teil eines FAIR-konformen Datenmanagements und für viele wissenschaftliche Journale zum Standardverfahren geworden, um  Reanalysen zu ermöglichen.

Das Portfolio unserer Dienstleistungen umfasst:

  • Beratung über Ontologien, Daten-Standardformate, Konverter und Upload-Tools in der Proteomik
  • Datenkonvertierungsdienst
  • Unterstützung beim Hochladen von Daten in Proteomik-Repertorien, v.a. PRIDE

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Bioinformatische Beratung und Analyse von Proteomik-Daten

Kugelbioinf

Wir bieten einen bioinformatischen Beratungsservice bezüglich der Anwendung unserer eigenen Werkzeuge sowie anderer Proteomik-Software an. ForscherInnen werden beim Datenhandling, bei der Verwaltung großer Datenmengen sowie bei der Auswahl und dem Einsatz geeigneter daten- und workflow-spezifischer Softwaretools beraten. Darüber hinaus definieren wir häufig benötigte proteomik-spezifische Datenanalyse-Pipelines für Workflow-Umgebungen wie KNIME oder Galaxy und stellen diese leicht zugänglich zur Verfügung. Über die fachliche Beratung durch unsere Bioinformatiker hinaus bieten wir auch an, die entsprechenden Analysen nach Absprache durchzuführen. Das Portfolio unserer Dienstleistungen umfasst unter anderem:

 

  • Anwendung unserer eigenen Software
  • Anwendung anderer Proteomik-Software
  • Auswahl und Einsatz geeigneter daten- und workflow-spezifischer Software
  • Datenverarbeitung
  • Verwaltung großer Datenmengen
  • Definition häufig benötigter Proteomik-spezifischer Datenanalyse-Pipelines für Workflow-Umgebungen
  • Algorithmus-Entwicklung
  • Software-Entwicklung

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Statistische Beratung und Analyse von Proteomik-Daten

Die statistische Beratung des de.NBI-Service-Centers BioInfra.Prot kann Sie bei verschiedenen Aspekten Ihrer Omics-Analysen unterstützen. Wir helfen Ihnen bei der Planung Ihrer Studie, bei der Auswahl geeigneter Analysemethoden und/oder bei der Interpretation und Präsentation der erzielten Ergebnisse. Über die fachliche Beratung durch unsere Biostatistiker hinaus bieten wir Ihnen auch an, die entsprechenden Analysen nach Absprache durchzuführen. Das Portfolio unserer Dienstleistungen umfasst unter anderem:

 

 

  • Normalisierung und Qualitätskontrolle
  • Fallzahlplanung und Studienplanung differentielle Analysen
  • Biomarker-Studien
  • Clustering
  • Klassifizierung
  • Überlebenszeitanalyse

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