Homepage von Christoph Mayer, Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere, Ruhr-Universität Bochum

Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere
Fakultät für Biologie und Biotechnologie

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Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere » Mitarbeiter » Dr. Christoph Mayer

Seit 2010 arbeite ich am Zoologischen Forschungsmuseum Alexander Koenig in Bonn: Christoph Mayer am ZFMK.

Wenn Sie sich für das Phobos Programm interessieren, so finden Sie weitere Informationen im Absatz Software weiter unten auf dieser Seite.

	Dr. Christoph Mayer Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere im Fachbereich Biologie und Biotechnologie Adresse: Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere ND 05/751 Ruhr-Universität Bochum 44780 Bochum Germany Email: cm@tp4.rub.de Tel.: +49 234 32 25072 Fax: +49 234 32 14114

Forschungsgebiete:
· Phylogenetische Systematik
· Paralleles programmieren (high performance computing) in der Bioinformatik
· Informationsgehalt und Qualität von Daten in der Systematik
· Simulation genetischer Evolution
· Algorithmen zur Identifikation von perfekten und imperfekten DNA-Satelliten
· Analyse repetitiver Elemente in Genomen
· Evolution von Mikrosatelliten und Satelliten
· Paralleles Programmieren in der Bioinformatik (mit OpenMP und der MPI Bibliothek)

Software:
Phobos - Ein Programm zum Auffinden von DNA-Microsatelliten, DNA-Minisatelliten und DNA-Satelliten, Christoph Mayer

Phobos wurde in die folgenden Bioinformatik Programmpakete integriert, mit denen es insbesondere möglich ist bequem "Primer" zu suchen.
Kommerzielle Anwender von Phobos brauchen eine Benutzerlizenz vom Autor Christoph Mayer.

STAMP: Microsatellite marker design extension for the Staden package.
Referenz:
Kraemer, L., Beszteri, B., Gaebler-Schwarz, S., Held, C., Leese, F., Mayer, C., Poehlmann, K. & Frickenhaus, S. (2009)
STAMP: Extensions to the STADEN sequence analysis package for high throughput interactive microsatellite marker design.
BMC Bioinformatics 10:41.
Phobos plugin für Geneious
Geneious ist ein kommerzielles und benutzerfreundliches Programm zu Analyse von DNA und Protein Daten.
Zur Verwendung von Phobos in Geneious wird neben der Kommandozeilenversion von Phobos das Phobos plugin benötigt.
Kompatible Phobos Versionen: 3.3.10 oder höher.

Sat-stat - Statistische Analyse der Phobos Ausgabe. Sat-stat berechnet die Charakteristika von DNA "Tandem Wiederholungen" von Genomen die mit Phobos analysiert wurden. Erhältlich auf Anfrage.

PolyMoSim - Ein Programm zur Simulation von molekularen Sequenzen. Auf jedem Ast auf dem Baum kann ein eigenes Evolutionsmodell spezifiziert werden. PolyMoSim

SAMS (Splits Analysis Methods), Christoph Mayer
SAMS ist hier erhältlich: SAMS am ZFMK

Publikationen:
Publikationen

Lehrveranstaltungen:

Sommersemester 2003	Theorie und Praxis der Datenauswertung in molekularer Systematik
Wintersemester 2003/2004	Theorie und Praxis der Datenauswertung in Populationsgenetik und molekularer Systematik
Sommersemester 2004	Einführung in das Programmieren für Biologen
Wintersemester 2004/2005	Molekularbiologie & Taxonomie: Theorie und Praxis
Sommersemester 2005	Einführung in das Programmieren in C mit Anwendungen aus dem Bereich Biomathematik
Wintersemester 2005/2006	Objektorientiertes Programmieren in C++ (mit Anwendungsbeispielen aus der Biologie)
Sommersemester 2006	Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2006/2007	Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2006/2007	Einführung in die phylogenetsche Systematik
Sommersemester 2007	Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2007/2008	Einführung in das Programmieren in C/C++
Sommersemester 2008	Phylogenie und Populationsgenetik
Wintersemester 2008/2009	Introduction to phylogenetic systematics and population genetics
Wintersemester 2008/2009	Objektorientiertes Programmieren in C++ und Bearbeitung eines Softwareprojekts
Sommersemester 2009	Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2009/2010	Phylogenie und Populationsgenetik
Sommersemester 2010	Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2010/2011	Phylogenie und Populationsgenetik

Zuletzt geändert: Februar 2010, Christoph Mayer