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CrossPlatformCommander (XPlatCom)

Prävention und personalisierte Medizin sind drängende Fragen der gegenwärtigen medizinischen Forschung. Sogenannte 'multi-OMICS' - Ansätze quantifizieren die wichtigsten Biomoleküle (d.h. von Genen, mRNAs, Proteinen und Metaboliten) um zu einem besseren Verständnis der komplexen Zellregulation zu gelangen. Im medizinischen Bereich sind solche Verfahren vielversprechend um neue Biomarker zu finden oder neue Therapieansätze zu entwickeln. Die Analyse und Interpretation von 'multi-OMICS'-Daten ist aber in der Regel schwierig und verlangt daher einen strukturierten Arbeitsablauf (Abb. 1)
Innerhalb des 'multi-OMICS' Projects PROFILE werden Datensätze aus verschiedenen 'high-throughput' Plattformen (Transkriptomik, Proteomik, Epigenetik, Zirkulierende Tumorzellen) gemeinsam analysiert. Für diese Auswertung wurde ein standardisierter Arbeitsablauf entwickelt (Abb. 1), der verschiedene Arbeitsschritte wie Datenkonvertierung, Qualitätskontrolle, Vergleich von Datensätzen, Textminung und statistische Analysen beinhaltet. Darüber hinaus wurde eine Software namens CrossPlatformCommander (XPlatCom) programmiert, die verschiedene Arbeitsschritte des Arbeitsablaufs durch eine weitgehende Automatisierung erleichtert. XPlatCom ist derzeit noch in der Entwicklung (Beta-Status).
Weitere Informationen zur Software finden sie im unten zum Download verfügbaren Poster oder in der Literatur (PMID:23501674).


Abbildung 1: Skizze der Datenverarbeitung innerhalb des PROFILE - Projektes. Die durchsichtigen Teile der Skizze deuten Analyseverfahren an, die in der nächsten Zukunft in die XPlatCom Software integriert werden.

Download

XPlatCom Poster   (476.2 kB)

Kontakt:

Michael Kohl (michael.kohl:at:rub.de)

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