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Unique Peptide Finder (UPF) Software

Proteomikmethoden verwenden typischerweise Proteasen, um ein Proteom in eine Menge von Peptiden zu verdauen. Die Identifikation und Quantifizierung von Proteinen auf der Basis der vermessenen Peptide beinhaltet eine inhärente Unbestimmtheit, da verschiedene Proteine ein oder mehrere gleiche Peptidsequenzen aufweisen können. Aus diesem Grund ist die Bestimmung von sogenannten ‚uniquen‘ (eindeutigen) Peptiden für eine unzweifelhafte Identifikation eines bestimmten Protein vorteilhaft.
Die Unique Peptide Finder (UPF) Software erlaubt eine einfache und effiziente Detektion solcher eindeutiger Peptide. In einem ersten Schritt werden die Proteine einer Protein-Datenbank im FASTA – Format -unter Verwendung einer ausgewählten Protease- theoretisch verdaut. Die dabei entstehenden Peptide werden in einer SQL – basierten Datenbank gespeichert.
In einem zweiten Schritt werden die zu untersuchenden Input- Proteinsequenzen ebenfalls theoretisch verdaut. Die dabei entstehenden Peptidsequenzen werden mit der im ersten Schritt erzeugten SQL-Peptid-Datenbank verglichen und die eindeutigen Peptide ermittelt. Mögliche Anwendung für UPF sind die Identifikation von Proteinen, wenn nur wenige Peptide identifiziert wurden oder fortgeschrittene Proteomik-Techniken wie das sog Multiple Reaction Monitoring (MRM), die auf die Identifikation eindeutiger Peptide angewiesen sind.
Eine detaillierte Beschreibung der Software und die Anwendung von UPF am Beispiel verschiedener Isoformen der humanen Cytochrome P450 (CYP) Familie kann dem folgenden Artikel entnommen werden: Kohl M., Redlich G., Eisenacher M., Schnabel A., Meyer H.E., Marcus K. and Stephan C. (2008) Automated Calculation of Unique Peptide Sequences for Unambiguous Identification of Highly Homologous Proteins by Mass Spectrometry. Journal of Proteomics and Bioinformatics Vol. 1, 6-10 (http://www.omicsonline.com/Archive/HTMLApril2008/JPB1.6.html).


Download der Software

UPF 0.912   (3.3 MB)

Kontakt:

Michael Kohl (michael.kohl:at:rub.de)

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