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Protein List Comparator (ProLiC)

Der Fortschritt verschiedener Hochdurchsatz-Technologien in der Proteomik führte zu großen Datenmengen, die beispielsweise Proteinidentifikationen aus verschiedenen Zellen oder Geweben betreffen. Diese oft heterogenen und verteilten Daten müssen verglichen und integriert werden, um ein umfassenderes Verständnis der Funktionen einer Zelle zu erlangen.
Ein direkter Vergleich der verfügbaren Daten, d.h. von Proteinlisten und der zugehörigen Information (z.B. Identifizierungsnummern, Proteinsequenzen, die zugeordneten Peptididentifikationen, etc.) ist schwierig. Protein-Identifizierungsnummern können beispielsweise aus unterschiedlichen Datenbanken mit verschiedenen Nomenklaturen stammen. Selbst innerhalb einer Datenbank können sich die Identifizierungsnummern verschiedener Datenbankversionen unterscheiden. Aus diesen Gründen ist ein Vergleich von Listen mit Proteinidentifikationen unter ausschließlicher Verwendung der Identifizierungsnummern in der Regel unzureichend.
Darüber hinaus beinhaltet die Zuordnung der experimentell ermittelten Massenspektren zu den Peptidsequenzen und die sich daran anschließende Proteininferenz eine generelle Mehrdeutigkeit (z.B. durch die unvollständige Sequenzabdeckung oder ein mehrdeutiges Peptidmuster).
Die Protein List Comparator (ProLiC) Software wurde entwickelt, um diese Schwierigkeiten zu bewältigen. Hierfür beinhaltet ProLiC verschiedene Verfahren für einen Vergleich von Proteinlisten.
Zusätzlich zur Möglichkeit, Proteinlisten auf der Grundlage der Identifizierungsnummern zu vergleichen, unterstützt ProLiC einen verlässlicheren Vergleich von Proteinlisten, die aus unterschiedlichen Quellen stammen, unter Berücksichtigung der verfügbaren Sequenzinformation oder der identifizierten Peptide. Der Umgang mit der oben angesprochenen Mehrdeutigkeit wurde berücksichtigt durch die Entwicklung eines Algorithmus zur Bestimmung von Proteingruppen und durch eine geeignete Definition eines Kriteriums mit dem die Gleichheit von Proteinen, die verglichen werden sollen, bestimmt werden kann. Der Gruppierungs-Algorithmus von ProLiC kann an die Anforderungen des Benutzers durch verschiedene Einstellungen in der Konfigurationsdatei der Software angepasst werden.
ProLiC kann von der Kommandozeile verwendet werden. Dies erlaubt die Einbeziehung von ProLiC – Proteinlistenvergleichen in herkömmlichen Skripten. Die Software ist Open Source, kostenfrei verfügbar und kann über den unten angegebenen Download-Link heruntergeladen werden. Der Download beinhaltet neben einer kompilierten Version des Programms auch den Quellcode, mit Hilfe von Javadoc erstellte Dokumentationsdateien, Beispieldateien und eine detaillierte Bedienungsanleitung. Zusätzlich wird ein Workflow für die Software KNIME bereitgestellt, der es ermöglicht Ergebnisdateien aus Proteome Discoverer in das ProLiC – Format zu konvertieren.

Download

ProLiC V1.2.zip   Version from 2018-02-16 (4.4 MB)

Kontakt

Michael Kohl (michael.kohl:at:rub.de)

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