RUB »  Medizinische Fakultät »  Medizinisches Proteom Center » Software » Proteomics Conversion Tool (ProCon)

Proteomics Conversion Tool (ProCon)

Die Entwicklung des Proteomics Conversion Tool (ProCon) wurde innerhalb des EU geförderten Projektes "Coordination Action" ProDaC (grant number LSHG-CT-2006-036814) begonnen. Neue Funktionalität wurde im EU geförderten Projekt "Collaborative Project" ProteomeXchange (grant number 260558) implementiert. Nun wird die Weiterentwicklung vom de.NBI (http://www.denbi.de) Projekt durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) unter dem Kennzeichen FKZ 031 A 534A gefördert.

ProCon ist eine Java Anwendung zur Konvertierung von Proteomik-Datenfiles oder einer LIMS (Laborinformationssystem) Datenbank in Standardformate.

ProCon steht auch präkonfiguriert in unserer Proteomics Toolbox zur Verfügung und kann damit auf unserer hochperformanten Rechnerumgebung ausgeführt werden, welche auch genügend Arbeits- und Plattenspeicher zur Verfügung stellt. Zur Nutzung der Proteomics ToolBox kontaktieren Sie uns bitte.



Funktionalität

ProCon erlaubt die Konvertierung von:
- Peptid Informationen von Sequest® .out (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) oder Comet .out Dateien nach mzIdentML 1.1
- Proteome Discoverer® 1.1, 1.2, 1.3 + 1.4 (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) .msf (mass spec format) (und .prot.xml für PD1.1 und PD1.2) Dateien nach mzIdentML 1.1
- ProteinScape® 1.3 (Bruker Daltonik GmbH, Bremen, Germany) Ergebnissen in das PRIDE XML Format
- ProteinScape® 2.1 (Bruker Daltonik GmbH, Bremen, Germany) Ergebnissen in mzIdentML 1.1

Für nähere Einzelheiten über ProCon laden Sie bitte unser Poster oder das ProCon Paper (in Vorbereitung) herunter.

ProCon starten

ProCon 0.9.726 benötigt Java 11 oder höher.

Downloaden Sie das passende .zip Packet, unzippen Sie es (z.B. nach C:\ProCon_dist-0.9.xyz) and folgen Sie den Installations- und Konfigurationsanweisungen im User-Handbuch unter .\documentation\ProCon_user_manual.pdf.

Download:

ProCon version 0.9.726   (115.8 MB)

ProCon User Manual   (594.0 kB)


Paper download link:

ProCon - PROteomics CONversion tool

Kontakt:

Links:

Link to de.NBI
deNBI Logo farbig

Link to BioInra.Prot
BioInfra.Prot Logo