Algorithmische Proteomik


Die Arbeitsgruppe (AG) Algorithmische Proteomik wird geleitet von Dr. Michael Kohl. Die Arbeitsgruppe beschäftigt sich vorrangig mit folgenden Schwerpunktthemen:
- Flexible und umfassend parametrisierbare Protein-Inferenz basierend auf den Peptididentifikationen verschiedener MS/MS – Analysealgorithmen (‚search engines‘)
- Anwendung von sogenannten decoy-Datenbanken für die Abschätzung der false discovery rate (FDR)
- Label-freie und label-basierte MS-basierte Quantifizierung
- Integrierende Analyse von Daten aus unterschiedlichen Hochdurchsatz-Technologien (multi-Omics-Auswertungen)
- Analyse von targeted Proteomik Datensätzen (Selected reaction monitoring (SRM))
Die AG ist außerdem sehr aktiv bei der Entwicklung von Standards für die Beschreibung und Speicherung von Proteomik-Daten, bei der Wartung des kontrollierten Vokabulars der Proteomics Standards Initiative (PSI) der Human Proteome Organization (HUPO) und bei der Entwicklung von Datenkonvertierungs-Software.
Die aktuelle Forschung in der AG betrifft die Integration weiterer Datentypen in die multi- Omics Analyse (z.B. Methylierungsdatensätze (Epigenetik)) und die Entwicklung eines peptid-basierten Verfahrens für den Vergleich von Proteomik-Experimenten und die Entwicklung von mathematischen Modellen zur Beschreibung der Dynamik von Proteinnetzwerken in der Zelle.

Gruppenleiter

Dr. Michael Kohl


Ruhr-Universität Bochum
Gebäude ProDi, Raum E2.244
Gesundheitscampus 4
D-44801 Bochum

Tel.: +49 234 32 18 108
Fax: +49 234 32 14 554