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Medizinische Bioinformatik

Der Forschungsbereich „Medizinische Bioinformatik“ wird geleitet von PD Dr. Martin Eisenacher und fungiert als Bindeglied zwischen der angewandten Proteomik der anderen Forschungsbereiche des Medizinischen Proteom-Centers und der methodischen Bioinformatik / Biostatistik.
Neben infrastrukturellen Verantwortlichkeiten für das MPC (wie z. B. dem Server-Virtualisierungssystem mit zahlreichen Auswerte-Servern und Datenbanken, dem high performance compute cluster sowie den Archiv- und Backup-Lösungen), besteht der Bereich aus den zwei Arbeitsgruppen (AGs) „Algorithmische Proteomik“ und „Computational Quantitative Proteomics“. Sie betreiben eigene Forschung und entwickeln hierbei neue Methoden, Algorithmen, Auswerte-Workflows und Softwarelösungen zur statistisch validen Auswertung von Proteomik-Daten. Außerdem ist der Bereich beteiligt an der Entwicklung von Standard-Datenformaten zur Annotation von (Meta-)Daten und zur Speicherung von Proteomik-Spektren und Ergebnissen nach FAIR-Prinzipien.
Der Forschungsbereich „Medizinische Bioinformatik“ ist seit 2014 am vom BMBF geförderten „Deutschen Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI)“ beteiligt, in dem unsere Expertise in verschiedenen Tool- oder Auswertebasierten Services angeboten wird (siehe hier). De.NBI ist als deutscher Knoten Teil der europäischen ELIXIR-Infrastruktur (https://elixir-europe.org/). De.NBI betreibt eine eigene cloud-Infrastruktur, in der einige unserer Services plattformübergreifend und recheneffizient ausführbar sind.
Im Forschungsbau „PRODI – molekulare Protein-Diagnostik“ werten wir Daten aus unterschiedlichen klinischen und instrumentellen Säulen plattformübergreifend aus. Damit sollen frühe Biomarker für neurodegenerative Erkrankungen wie Morbus Alzheimer und Parkinson und für Krebserkrankungen wie Colon- und Lungen-Karzinom identifiziert und validiert werden.
Wir führen Lehrveranstaltungen zur Bioinformatik in unterschiedlichen Fakultäten und Studiengängen durch, dabei vergeben wir regelmäßig Projekte für Praktika, Bachelor-, Master- und Doktorarbeiten.

Bereichsleiter

PD Dr. Martin Eisenacher

Ruhr-Universität Bochum
ProDi, Raum E2.269
Gesundheitscampus 4
D-44801 Bochum

Tel.: +49 234 32-18104
Fax: +49 234 32-14496

E-Mail


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