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Bioinformatik für Proteomik (BioInfra.Prot)

Über BioInfra.Prot

Das 'Deutsche Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur - de.NBI' (www.denbi.de) ist ein deutsches nationales Bioinformatik-Infrastrukturprojekt. Innerhalb von de.NBI ist das Dienstleistungszentrum BioInfra.Prot eine gemeinsame Initiative zweier Partner: der Forschungseinheit "Medizinische Bioinformatik" des Medizinischen Proteom-Centers der Ruhr-Universität Bochum und der "Abteilung Bioanalytik" des Leibniz-Instituts für Analytische Wissenschaften - ISAS - e.V. in Dortmund. Beide Gruppen verfügen über umfangreiche und langjährige Erfahrung mit Tools, Standards und Analysen auf dem Gebiet der Proteomik. Diese Partnerschaft ermöglicht es, Synergien zu maximieren, um der deutschen Proteomik-Gemeinschaft ein breites Spektrum an Dienstleistungen anzubieten. Das de.NBI-Partnerprojekt Lipidomics Informatics for Life Science (LIFS) stellt weitere Expertise zu Werkzeugen, Standards und Analysen im Bereich der Lipidomik zur Verfügung. LIFS besteht aus den Partnern Leibniz-Lungenzentrum Borstel (Gruppe Bioanalytik), dem Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik Dresden (Gruppe Biologische Massenspektrometrie) und der Gruppe Lipidomics am ISAS.

Trainings und Schulungen

BioInfra.Prot bietet Beratungsleistungen im Bereich Statistik und Bioinformatik für die Proteomik sowie die Analyse von Proteomikdaten und statistische Auswertungen im Rahmen von Kooperationen oder als Dienstleistung an. Weiterhin werden Proteomik- und Lipidomik-Softwaretools in konsistenter und nutzerorientierter Weise angeboten. BioInfra.Prot bietet darüber hinaus Datenstandardisierungs- und Konvertierungsdienste für Proteomik-Datensätze und Ergebnislisten an, um die Einreichung von Daten in öffentliche Datenbanken zu vereinfachen oder als ergänzendes Material zur Unterstützung von wissenschaftlichen Veröffentlichungen. Neben Beratung und Softwaretools stellt das Service-Zentrum die Nutzung seiner leistungsfähigen Hardware-Infrastruktur zur Verfügung, auf der zusätzlich die gemeinsame Nutzung der Tools (Toolbox Sharing) angeboten wird. Dies beinhaltet den Zugang zu vorinstallierten Proteomics-Tools, die vom Zentrum entwickelt wurden, sowie zu freier Software von Drittanbietern. Um die Leistungsfähigkeit beim Verwenden von Ansätzen der gezielten Proteomik (Targeted Proteomics) zu erhöhen, wird eine Qualitätsdatenbank generiert, die validierte MS-Peptidspektren in hoher Qualität zum Herunterladen enthält. Im Bereich der Lipidomik wird LIFS eine qualitätskontrollierte Referenzdatenbank mit quantitativen Lipidomikdaten einrichten und zusätzliche Tools für die Datenverarbeitung, einschließlich Qualitätskontrolle, Quantifizierung und Identifizierung in MS-basierten Lipidomik-Workflows, bereitstellen.

Weiterentwicklungen

Auch in Zukunft werden die Proteomik- und Lipidomik-Werkzeuge und -Workflows, die von den Mitgliedern von BioInfra.Prot und LIFS entwickelt werden, weiter gepflegt und an die Bedürfnisse der Anwender angepasst. Zur Verbreitung des Wissens über die Bioinformatik für Proteomik und Lipidomik werden regelmäßig Tool-Schulungen, Kurse über Bioinformatik für Proteomik und Lipidomik, statistische Schulungen und Kurse über Standardformate und Konvertierungswerkzeuge angeboten.