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Angewandte Bioinformatik

Die Arbeitsgruppe Angewandte Bioinformatik im Forschungsbereich Medizinische Bioinformatik am MPC wird geleitet von Dr. Julian Uszkoreit. In enger Zusammenarbeit mit experimentellen Arbeitsgruppen entwickeln wir neue Methoden und Algorithmen und wenden diese hauptsächlich auf massenspektrometrische Daten aus der Proteomik an um Fragen aus den Lebenswissenschaften zu beantworten. Unsere Arbeitsgruppe verwendet aktuelle Methoden der Softwareentwicklung und -nutzung (z.B. Workflow Environments, Cloud-Computing, Deep-Learning, Containerisierung, Orchestration), sowie die high-performance Hardwareausstattung des MPCs und des PRODI-Forschungsbaus, um sowohl projektspezifische Fragen zu adressieren, aber auch um grundlegende Probleme der Proteomik zu lösen. Alle unsere Tools und Methoden werden der Community anwenderfreundlich und als Open Source zur Verfügung gestellt.
Unsere derzeitigen Projekte beinhalten unter anderem:

 

  • Deep-Learning zur Verbesserung der Identifikation von Peptidspektren
  • Detektion von Peptidvarianten in Proteomikdaten
  • Flexible und umfassend parametrisierbare Protein-Inferenz basierend auf den Peptididentifikationen verschiedener MS/MS – Analysealgorithmen, auch für quantitative Daten
  • Qualitätskontrolle massenspektrometrischer Daten
  • Re-Analyse vorhandener Datensätze mit neuen Methoden und unter neuen Gesichtspunkten
  • Anbindung unserer Methoden als Analyseknoten in KNIME
  • Mitwirkung bei Proteomics Standards Initiative (PSI) der Human Proteome Organization (HUPO)
  • Mitwirkung in der EuBIC - European Bioinformatics Community for Mass Spectrometry

Die neuen Methoden und Algorithmen fließen ein in die Plattformtechnologie Proteomik am PRODI, dem Zentrum für Proteindiagnostik. Hierdurch sollen in Zukunft onkologische und neurodegenerative Erkrankungen besser und früher – möglichst noch bevor klinische Symptome auftreten – diagnostiziert werden können.
Neben den Forschungstätigkeiten betreiben Mitglieder der Arbeitsgruppe die wissenschaftliche Server-Infrastruktur des Medizinischen Proteom-Centers.

 

Arbeitsgruppenleiter

Dr. Julian Uszkoreit

 

Ruhr-Universität Bochum
ProDi, Raum E2.240
Gesundheitscampus 4
D-44801 Bochum


Tel: +49 234 32 18109

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