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Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere
Fakultät für Biologie und Biotechnologie
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Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere » Mitarbeiter » Dr. Christoph Mayer

Seit 2010 arbeite ich am Zoologischen Forschungsmueseum in Bonn: Christoph Mayer am ZFMK.

Wenn Sie sich für das Phobos Programm interessiren, so finden Sie weitere Informationen im Absatz Software weiter unten auf dieser Seite.

Christoph Mayer    Dr. Christoph Mayer
  
   Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für
   Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere
   im Fachbereich Biologie und Biotechnologie
  
   Adresse:
   Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere
   ND 05/751
   Ruhr-Universität Bochum
   44780 Bochum
   Germany

   Email:   cm@tp4.rub.de
   Tel.:   +49 234 32 25072
   Fax:   +49 234 32 14114

Forschungsgebiete:
· Phylogenetische Systematik
· Paralleles programmieren (high performance computing) in der Bioinformatik
· Informationsgehalt und Qualität von Daten in der Systematik
· Simulation genetischer Evolution
· Algorithmen zur Identifikation von perfekten und imperfekten DNA-Satelliten
· Analyse repetitiver Elemente in Genomen
· Evolution von Mikrosatelliten und Satelliten
· Paralleles Programmieren in der Bioinformatik (mit OpenMP und der MPI Bibliothek)



Software:
Phobos - Ein Programm zum Auffinden von DNA-Microsatelliten, DNA-Minisatelliten und DNA-Satelliten, Christoph Mayer

Phobos wurde in die folgenden Bioinformatik Programmpakete integriert, mit denen es insbesondere möglich ist bequem "Primer" zu suchen.
Kommerzielle Anwender von Phobos brauchen auf jeden Fall eine Benutzerlizenz vom Autor Christoph Mayer.
  • STAMP: Microsatellite marker design extension for the Staden package.
    Referenz:
    Kraemer, L., Beszteri, B., Gaebler-Schwarz, S., Held, C., Leese, F., Mayer, C., Poehlmann, K. & Frickenhaus, S. (2009)
    STAMP: Extensions to the STADEN sequence analysis package for high throughput interactive microsatellite marker design.
    BMC Bioinformatics 10:41.

  • Phobos plugin für Geneious
    Geneious ist ein kommerzielles und benutzerfreundliches Programm zu Analyse von DNA und Protein Daten.
    Zur Verwendung von Phobos in Geneious wird neben der Kommandozeilenversion von Phobos das Phobos plugin benötigt.
    Kompatible Phobos Versionen: 3.3.10 oder höher.

Sat-stat - Statstische Analyse der Phobos Ausgabe. Sat-stat berechnet die Charakteristika von DNA "Tandem Wiederholungen" von Genomen die mit Phobos analysiert wurden. (Wird in kürze verfügbar sein.)

Multimoseqsim - Ein Programm zur Simulation von molekularen Sequenzen. Auf jedem Ast auf dem Baum kann ein eigenes Evolutionsmodell spezifiziert werden. (Wird in kürze verfügbar sein.)

SAMS (Splits Analysis Methods), Christoph Mayer
Erhältlich auf Anfrage.



Publikationen:
Publikationen



Lehrveranstaltungen:
Sommersemester 2003 Theorie und Praxis der Datenauswertung in molekularer Systematik
Wintersemester 2003/2004 Theorie und Praxis der Datenauswertung in Populationsgenetik und molekularer Systematik
Sommersemester 2004 Einführung in das Programmieren für Biologen
Wintersemester 2004/2005 Molekularbiologie & Taxonomie: Theorie und Praxis
Sommersemester 2005 Einführung in das Programmieren in C mit Anwendungen aus dem Bereich Biomathematik
Wintersemester 2005/2006 Objektorientiertes Programmieren in C++ (mit Anwendungsbeispielen aus der Biologie)
Sommersemester 2006 Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2006/2007 Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2006/2007 Einführung in die phylogenetsche Systematik
Sommersemester 2007 Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2007/2008 Einführung in das Programmieren in C/C++
Sommersemester 2008 Phylogenie und Populationsgenetik
Wintersemester 2008/2009 Introduction to phylogenetic systematics and population genetics
Wintersemester 2008/2009 Objektorientiertes Programmieren in C++ und Bearbeitung eines Softwareprojekts
Sommersemester 2009 Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2009/2010 Phylogenie und Populationsgenetik
Sommersemester 2010 Einführung in das Programmieren in C/C++
Wintersemester 2010/2011 Phylogenie und Populationsgenetik



 
 
  Zuletzt geändert: Februar 2010, Christoph Mayer